1965年,，孫科已經(jīng)75歲高齡,，在他流亡16年間,，蔣介石政權(quán)沒有對(duì)他表示任何關(guān)心和重視,。他在美生活有諸多不便,，漸生歸臺(tái)之意,。而臺(tái)灣方面,，自60年代初始,，孫科的某些故舊也為孫科赴臺(tái)多方積極活動(dòng),。
1949年春,，國(guó)民黨政權(quán)已陷入崩潰前的一片混亂，孫科于3月辭去行政院院長(zhǎng)職務(wù)后,，由廣州移居香港,。
孫科在香港居留期間，對(duì)時(shí)局深感“悲觀”,，對(duì)政治及一切事務(wù)均表倦怠,。1950年秋，孫科偕夫人赴法國(guó),，暫住老友,、前駐蘇大使傅秉常在巴黎郊外的別墅，開始了他流亡海外的歲月,，是年孫科60歲,。
1952年，孫科夫婦來(lái)到美國(guó),，那時(shí)無(wú)任何固定收入的孫科夫婦與次子治強(qiáng)一家共同生活,，依靠子女的小額接濟(jì),，省吃儉用，一切自己動(dòng)手,。
1965年,，孫科已經(jīng)75歲高齡，在他流亡16年間,，蔣介石政權(quán)沒有對(duì)他表示任何關(guān)心和重視,。他在美生活有諸多不便，漸生歸臺(tái)之意,。而臺(tái)灣方面,，自60年代初始，孫科的某些故舊也為孫科赴臺(tái)多方積極活動(dòng),。
1964年由臺(tái)灣出資,，在美組織了“中華文化教育基金會(huì)”，并推舉孫科任董事長(zhǎng),，孫科前往華盛頓參加年會(huì),。從此，孫科與臺(tái)灣官方機(jī)構(gòu)重新建起了聯(lián)系,。1965年10月29日,，孫科搭機(jī)從美返臺(tái)，在臺(tái)北松山機(jī)場(chǎng)受到蔣經(jīng)國(guó)及2000余人的熱誠(chéng)歡迎,，場(chǎng)面之盛大令孫科潸然淚下,。
孫科抵達(dá)臺(tái)灣次日，在蔣經(jīng)國(guó)的陪同下,，前往高雄蔣介石官邸拜謁。自1949年廣州分手,，16年后他們?cè)谂_(tái)灣相逢,，彼此相見甚歡。蔣介石設(shè)午宴招待孫科,，還將自己曾住過(guò)的陽(yáng)明山第一賓館交給孫科及其家屬居住,，孫科在臺(tái)一直居住于此。
孫科承蒙蔣介石以禮相邀,，便積極投桃報(bào)李,。一周后，臺(tái)北舉行“華僑救國(guó)總會(huì)第三次代表大會(huì)”,，在開幕典禮上,，孫科發(fā)表了返臺(tái)后第一次公開演講，明確表示全力擁護(hù)蔣介石,。
1965年12月20日,，蔣介石正式聘孫科為“總統(tǒng)府資政”，1966年9月1日，蔣介石又正式提名孫科為“考試院院長(zhǎng)”,，從此孫科又名列臺(tái)灣“黨國(guó)要人”之列,。
在臺(tái)灣，孫科的主要活動(dòng)是主持和推動(dòng)“中華文化復(fù)興運(yùn)動(dòng)”,。他們?cè)谌_(tái)灣普遍設(shè)立了“文化復(fù)興運(yùn)動(dòng)”機(jī)構(gòu),，并在總會(huì)下設(shè)各種專門委員會(huì)，臺(tái)灣商務(wù)印書館等出版單位也隨即整理翻譯出版了大量的中華古籍,，受到讀者的普遍歡迎,。
孫科另一項(xiàng)活動(dòng)是督促、協(xié)調(diào)臺(tái)灣文官考試制度的健全和完善,。在他擔(dān)任“考試院院長(zhǎng)”期間,，制定、頒布了一系列有關(guān)公務(wù)人員考試,、任用,、俸給、考績(jī)等法令及施行細(xì)則,。
1973年3月,，孫科最后一次參加公開活動(dòng)，為孫中山先生逝世紀(jì)念日及臺(tái)灣植樹節(jié),，孫科親到臺(tái)北中山公園,，手植一株連翹樹，此后即閉門靜養(yǎng),。8月26日清晨,，突感胸痛，呼吸困難,，經(jīng)醫(yī)生診斷為急性心肌梗塞并發(fā)心臟衰竭,，至9月13日，病逝于臺(tái)北榮民總院,，享年83歲,。
